Главная страница

Практикум 4

Задание 1

В результате работы сайта RNAfold я получил две вторичные структуры тРНК(рис 2).На тРНК больше похожа структура слева.В результате работы алгоритма Зукера получилась структура не похожая на тРНК.

Участок структуры (расшифровку названий	Позиции в структуре (по результатам find_pair по номерам остатков)	Результаты предсказания с помощью сайта RNAfold	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	901-907 и 972-966	6	5
D-стебель	910-913 и 922-925	6	7
T-стебель	949-953 и 961-965	5	7
Антикодоновый стебель	939-944 и 926-931	5	5
Общее число канонических пар нуклеотидов	18	22	24

Рис 1.Результат работы алгоритма Зукера

Рис 2.Результат работы сервиса RNAfold

Рис 3.Результат работы forgi

Задание 2

Я буду работать в Pymol.Кислороды соединяющие атомы фосфора и остовы сахара считаем принадлежащими сахару.
Скрипт Pymol с выделением 3-х групп.
Скрипт с различными отображениями После его активации в левом нижнем углу появятся 3 вкладки, каждая из которых переключает на отображение соответствующие заданию.

Для заполнения таблицы помог этот скрипт.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	4	39	43
остатками фосфорной кислоты	34	19	53
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	11	20	31
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	4	4

nucplot выдает ошибку на мою структуру 1TRO и не создает файл .ps(да я переводил pdb в старый формат)
No bond file supplied:-
Reading external interaction information from PDB CONNECT records
and HBPLUS output files
Segmentation fault.
Поэтому я вместо первой сверху структуры взял вторую сверху(1dc1). Наиболее связан с ДНК Lys81B он и наиболее важен для распознования ДНК